* 2006年12 月18日 – フルモデルチェンジ。通常モデルと、ミラアヴィの後継となる上級モデルで国内専用車の「ミラカスタム（Mira Custom）」の2種類をラインアップ。商用モデルのバンを除き、3ドアモデルは廃止された。目標月間販売台数は6000台と発表されている。車高が先代よりも約40mm高くなり、ボディーサイズはかつて同社で生産されていたMAXに近いものとなった。エンジンは既にエッセ、ムーヴで採用されているDVVT可変バルブタイミング機構付KF-VE型DOHC12バルブエンジン、インタークーラーターボ付KF-DET型DOHC12バルブエンジンを搭載。変速機は従来からの4速AT、3速AT、5速MTに加えて、ソニカとムーヴで採用されている新開発のCVTが追加された。また、標準モデルの「X Limited “SMART DRIVE Package”」は、「DAIHATSU IDLE STOP SYSTEM」を備え、燃費27.0km/L(10.15モード走行燃費)を実現。ミラカスタムのみリアシートにヘッドレストを標準装備。
* 2007年7月 – カスタム「RS」について、約2,050台に型式指定とは異なる小径のブレーキディスクの装着（ドライビングアシストパック非装着車）が判明し、一時出荷停止。型式指定取得の際、申請した仕様書の記載ミスが原因であった。国土交通省は同月付けで業務改善命令を出した。
* 2007年8月20日 – 創立100周年を記念し、燃費性能に優れたCVT仕様にABS、ブラウン系のシート表皮&センタークラスター、タコメーター、瞬間燃費計、キーレスエントリー、スモークドガラス、電動格納式カラードドアミラー等を装備した特別仕様車「メモリアルエディション」を発売。
* 2007年11月9日 – 「L」をベースに電動格納式カラードドアミラー、スモークドガラス、メッキグリル、ブラウンのシートを採用しながらも価格を抑えた特別仕様車「Lセレクション」を発売。
* 2007年11月21日 – 2007-2008日本カー・オブ・ザ・イヤーの、ベストバリュー賞を受賞。
* 2007年12月10日 – 6代目を継続販売していたバンがフルモデルチェンジ。7代目の新プラットフォームをベースにバン専用に3ドア化。エンジンは全車KF-VE型を採用し燃費性能を向上。運転席・助手席デュアルSRSエアバッグを全車標準装備した。グレード体系は「TL」と「TX」の2グレードで、「TX」はセキュリティアラームを追加装備した。2008年2月にはバンCNG車もモデルチェンジした。
* 2008年12月17日 – 一部改良。ボディカラーにシャイニングレッドを追加。エンジンスタートのプッシュボタンを含むアドバンスオペレーションパックがオプション廃止される。「カスタムRS」に設定されていたVSC、レーダークルーズコントロールを含むドライビングアシストパックもオプション廃止される。廉価グレードの装備が見直され、「カスタムL」はCVTや ABS、フルオートエアコンを標準装備化。標準タイプのミラは特別仕様車の「Lセレクション」と「メモリアルエディション」を廃止し、フルモデルチェンジ当初のグレード体系に戻す。
* 2009年4月20日 – 特別仕様車「X Limited “ER”」発売。”ER”とは「Economy&Reasonable」の頭文字をとったもので「環境に優しく、それでいてお買い得なグレード」というものが集約されている。具体的にはCVT仕様の「X Limited」をベースに、運転席シートリフター、チルトステアリング、アジャスタブルショルダーベルトアンカー等の快適装備がプラスされている。
* 2009年9月1日 – 「L」と同価格帯でありながら、3眼メーター、瞬間燃費計、キーレスエントリーなどを装備し機能を充実した新グレード「Xスペシャル」を追加。4ATのみの設定で、2WD車は環境対応車普及促進税制にも対応。
* 2010年4 月1日 – 一部改良。標準車は「Xスペシャル」を廃止し、「L」は5MTのみに、「X」はCVTに変更（標準車でトルコンAT車の設定がなくなる）。「X Limited “SMART DRIVE Package”」は「G”SMART DRIVE Package”」に改名。カスタムは廉価グレードの「L」を廃止、バンは「TL」と入れ替えで「TX”Special”」を追加すると共に、AT車は4 速ATに変更。また、「平成17年排出ガス基準75%低減レベル（☆☆☆☆）」を取得し「環境対応車 普及促進税制」に適合した。
* 2010年4月20日 – 富士重工業へ「プレオ」としてOEM供給を開始。
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