姉妹車であるプロボックスとの相違点は、前任車の車格の差による違いが表れており、以下の通りである。
* 外観：フロントグリル、フロントバンパー、フェンダー、リヤクオーターパネル、リヤバンパー、バックドア（テールゲート）、リアコンビランプ等の形状（ボンネット、フロントウインドシールドガラス、ヘッドランプ、ルーフ、ドアは共通）。
* 寸法：バックドアとリアバンパー形状の違いで、荷室長が20mm、全長が105mm長く、バンの2名乗車時に3尺×6尺（サブロク）の合板や畳がギリギリ収まる長さ（1830mm）となっている。
* 最大積載量：プロボックスの400kgに対し、サクシードは50kg多い450kgとなっている。ただし車重が重い4WD車は400kg。先代カローラバンより50kg増えたが、先代カルディナバンよりは50kg減っている。
* エンジン：バン・ワゴン共に1500ccの1NZ-FE型ガソリンエンジンのみで、プロボックスに設定されている1300ccガソリンエンジン、および1500ccCNGエンジンが存在しない。過去にはプロボックス同様、バンモデルに1400ccの1ND-TV型インタークーラーターボ付ディーゼルエンジンが設定されていたが、その搭載車はNox・PM法の規制対象に該当するため2007年9月までに販売終了となった[4]。
* トランスミッション：プロボックスにはMT車の設定があるが、サクシードにはない。(2010年2月現在)
* 当初のボディーカラー：サクシードのみにスーパーレッドV <3P0>の設定があった。後にこの色は廃止され、現在は両車共通の5色（バン / ワゴン4色+ワゴン専用 ブラックマイカ<209>）となっている。
* 装備：プロボックスで注文装備のものが、サクシードでは標準装備となる[5]。
* 価格：上記の相違で、同じ型式（かたしき）ながら10万円程度高い価格設定となっている。
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