1988年9 月にフルモデルチェンジを受ける。3代目のアルトはホイールベースを一気に伸ばし、当時の軽自動車の中で一番長くすると共に、モデルバリエーションに従来のレジーナなどに加えて、国産車初の両側スライドドアを持つ「スライドスリム」を回転ドライバーズシートと併せて新たに加えた。
エンジンは先に3代目セルボに搭載されたF5B型直列3気筒SOHC12バルブを一部のグレードに採用した。このモデルからは2代目以降のマツダ・キャロルのベースモデルにも採用された。「ワークス」は独立車種として標準モデルのアルトとは異なるデザインになり、丸形2灯のヘッドライトにエアロパーツで武装した外観を持ち、スペックに関しては従来の過激さそのままだったが、マイルドなF5A / F6ASOHCターボ車（SX系）も設定された。後にF6AターボもDOHC化され、韓国ではこのアルト5ドアモデルが、大宇国民車（現：GM大宇）により「ティコ(Tico)」のネーミングで生産された。 1989年4月、消費税施行に伴い、物品税が廃止されると、ボンネットバンのメリットが薄れたためアルトにも5ナンバー車を設定し、フロンテはアルトに統合される形で生産終了となった。これによって従来のモデルの大半が5ナンバーに切り替わったため、グレード名称の最後に「-S」が付加、さらに、5ドアバンを廃止する代わりに5ドアセダンを4車種設定する等、セダン重視のラインナップとなる。 1990年3 月にマイナーチェンジを受ける。新規格化に伴い、エンジンを550ccのF5B型から660ccのF6A型へ変更、更にフロント部分を大幅変更、リヤバンパーも大型化して新規格に対応。
ワークスも、バンモデルから乗用5ナンバーモデルへと変化。レジーナに5ドアを追加設定し、スライドスリムは右側（運転席側）のみをスライドドアとし、左ドア（助手席側）を5ドアのボディパネルに変更して、1:2ドアの形をとった。スライドドアにパワークロージャー機構を採用し、使い勝手を向上させている。 1991年11月、5ドアのBピラー以降の全高を1,600mmまで高め、荷室容積を拡大した「ハッスル」を追加。コンパクトカーが大きな荷箱を背負った、フランス車に多く見られるフルゴネットスタイルは欧州ではポピュラーな存在であるが、日本ではこのハッスルと日産・AD MAX以外に市販車はなく、ショーモデルでもオートザム・レビューをベースとしたM2 1004がある程度で現在でも主流ではない。ハッスルのボディーは全て3ドアで、バンの「Hu」、ワゴンの「St」と「Le」の各グレードがあり、定員（バン「Hu-2」のみ2名）、トランスミッション、駆動方式の違いで、計10車種から成る。積載性、個性、存在感の面では秀でていたが、通常のアルトを改造して生産する特装車扱いとなる。
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