2007年7月9日
「エブリイ」、「エブリイワゴン」共に一部改良。「エブリイワゴン」は、フロントシートを改良し、ボディカラーは「ミステリアスバイオレッドパール」を追加の上、5色に整理。「PZターボ」・「PZターボスペシャル」はフロントメッキグリルのデザインを一新し、シート表皮をベージュに変更。新たにディスチャージヘッドランプを追加設定（ディスチャージヘッドランプ装着車にはセンタースピーカーが追加装備され、MD/CDプレイヤーのオプション設定ができる）。「PZターボスペシャル」にはルーフエンドスポイラーを追加装備したハイルーフ仕様を追加設定。「JP」・「JPターボ」はフロントフードにメッキガーニッシュを追加し、シートとドアトリム表皮をブラウンに変更。「JP」のハイルーフ仕様は3AT車のみとなる。「エブリイ」は、フロントシートを改良したほか、「PC」・「JOIN」・「JOINターボ」はシートとドアトリム表皮（「JOINターボ」のみ）を変更し、ボディカラーの「ターコイズグリーンパールメタリック」を廃止し、替わって「ブルーイッシュブラックパール3」を追加。[20]
2007年11月
「エブリイワゴン」を仕様変更。ボディカラーに「スパークブラックパール」を追加。
2008年4月
仕様変更。
2009年12月10日
「エブリイワゴン」の「JPターボ（標準ルーフ車）」をベースに、フロントメッキグリル、アンダースポイラー（フロント・サイド・リア）、13インチアルミホイール、フロントフォグランプ、LEDサイドターンランプ付ドアミラーを装備し、ベージュのファブリックシート表皮とドアトリムクロスを採用した特別仕様車「JPターボリミテッド」を発売。ボディカラーは4色を設定し、オーディオレス仕様としている。[21]
2010年5月18日
「エブリイ」、「エブリイワゴン」共に一部改良。「エブリイワゴン」はエンジンの圧縮比を上げたことで燃費を0.2km/L向上すると共に、ターボチャージャーの高効率化などで低回転域のトルクが向上し、街中での走行性能を高めた。また、「PZターボ」・「PZターボスペシャル」ではエクステリア・インテリアを変更し、フロントにはメッキグリル、エアロバンパー、マルチリフレクターハロゲンフォグランプを採用。リアにもエアロバンパーを採用すると共に、コンビネーションランプをクリアタイプに変更。サイドもアンダースポイラーのデザインを変更し、ターンランプのレンズ色にはホワイトを採用。また、シート表皮のセンター部分を細かなブロック柄に変更した。ボディカラーは新たに「ブリーズブルーメタリック（2010年6月発売予定）」を追加する共に、既存色を整理し、全5色となった。なお、今回の変更でNA車の「JP」が廃止し、全車ターボエンジン仕様となった。「エブリイ」はNA・3AT車のギア比の見直しを行い、「JOINターボ」は「エブリイワゴン」と同じくエンジンとターボチャージャーの改良などを行い、燃費を0.2km/L向上。「JOINターボ」は街中での走行性能も高めると共に、5MT車は「平成22年度燃費基準+10%」を達成した。
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