* 1999年6月25日、「ストリート」の後継モデルとして「バモス」の名が復活。正式名称は初代と異なり「ホンダ バモス」[2]。「ストリート」とは異なり屋根がロールーフで、競合車種より低い車高が特徴だった[3]。4WDは、ストリートと同じリアルタイム4WD（ビスカスカップリング式）である。軽ワンボックスカーとしては、初めてテールランプをバックドアウインドウ横に配置しており、競合車種よりかなり高い位置にある。
* 2000年2月9日、ターボエンジンを搭載した「ターボ」を追加設定。同時に「M」と「L」の4WD車を4速AT車に変更すると共に、ターボを含む4速AT車全車にアルミホイールを装備した。また、リア・リーフスプリングの設定を変更し、乗り心地を向上した。ボディカラーにはグレースシルバー・メタリックを追加した。なお、4速AT車はエンジン、トランスミッションともに縦置きである[4]。
* 2000年10月26日、「L」をベースに、AM/FMチューナー付CDプレーヤー、専用インテリア、ハーフシェイド・フロントウィンドウ等を装備し快適性能を高めた特別仕様車「デラックス」を発売。
* 2001年、自動車アセスメントの試験実施対象車種に選ばれた。
* 2001年9月6日、マイナーチェンジ。フロントグリルやバンパーを一新し、ボディカラーにはトルマリンブルー・メタリックとアメジストパープル・パールを追加。ユーザーに不評だったリアシート格納を他社と同じくフロア格納タイプに変更（ただし、格納するとフロントシートスライドが前半分に制約される）。「L」と「ターボ」は新たにAM/FM チューナー付CDプレーヤーを標準装備すると共に、ローダウン・スポーツサスペンション、13インチアルミホイールなどをセットにした「Sパッケージ」を設定。「ターボ」にはさらにEBD付ABSとブレーキアシストも標準装備された。また、全グレードで「優-低排出ガス（★★）」を取得した。
* 2002年12月19日、「M」をベースにAM/FMチューナー付CDプレーヤー+フロント2ツイーター&2 スピーカー、電波式キーレスエントリーシステム（ウェルカムランプ機能付）、メッキタイプのフロントグリル・テールゲートハンドルケースを採用しつつ、求め易い価格設定にした特別仕様車「スペシャルA」を発売。ボディカラーは専用色のクリオネシルバー・メタリックを含む全9色を設定した。
* 2003年4月24日、ハイルーフ仕様の姉妹車バモスホビオを追加。同時に一部改良を行い、「L」に装備されている12インチアルミホイールのデザイン変更、「M」は「スペシャルA」で好評だったAM/FMチューナー付CDプレーヤー+フロント2ツイーター&2スピーカー、電波式キーレスエントリーシステムを新たに標準装備し、「L」・「ターボ」のオーディオはAM/FMチューナー付MD/CDプレーヤー+2ツイーター&2スピーカーに変更された（全グレードでオーディオレスの設定も可能）。電波式キーレスエントリーにはアンサーバック機能を追加し、シートとドアライニングのデザインを変更した。ボディカラーは新色4色を加えた10色となった。
* 2005年12月9日、マイナーチェンジ（発売は12月12日より）。ターボ車のグレード構成を「Mターボ」と「Lターボ」に分けて選択肢を増やすと共に、「Sパッケージ」を全グレードで設定できるようにした。ボディカラーの入れ替えや内装の変更を行い、左側ドアミラーにはフロントドア下部の死角を減らすサイドアンダーミラーを追加。ターボ車にはオイル交換インジゲーターを追加し、「L」と「Lターボ」にはバモスホビオで好評の「ワイパブルマット」をメーカーオプションに追加した。
* 2007年2月1日、マイナーチェンジ（発売は2月2日より）。フロント・リアのバンパーをエアロフォルムデザインに変更し、リヤコンビランプを2代目ステップワゴン後期型と共通の意匠を持つブラックスモークレンズに、アンテナをマイクロアンテナに変更、ボディカラーを一部変更するなどの、外観の変更を行なう。また、オーディオレスを標準化し、「L」と「Lターボ」にはローダウンサスペンション、フォグライト、3本メッキフロントグリル、13インチアルミホイールなどを装備した「ローダウン」を追加。同時に「L・ローダウン」・「Lターボ・ローダウン」をベースに、専用ステッカー、ワイパブルマット、ペットシートマット、撥水・消臭機能付シート表皮&撥水ドアライニング、お散歩用トートバック、専用機能性（制菌・防臭・防ダニ）フロアカーペットマットを装備した愛犬を連れても快適にドライブできる特別仕様車「トラベルドッグバージョン」を設定。2008年1月31日オーダー分まで受け付ける期間限定販売とした。
* 2010年6月3日 – 「Lターボ・ローダウン」をベースに、幾何学調メッシュ柄の専用パネルを採用し、キーレスエントリー発信機を1個追加した特別仕様車「スペシャル」を発売。
* ドレスアップやカスタムの分野でも人気があり、DIY素材で車内をアレンジできるようになっている。
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