* 2007年6月27日 – フルモデルチェンジ。目標月間販売台数は、5000台と発表されている。
先代のキープコンセプトによりセンターメーターも引き続き採用されている。また、この2代目では、「バルブマチック[1]」という、新システムを採用したエンジンがZSに初めて搭載された。また、燃費性能が大幅に向上され、全車「平成22年度燃費基準+20%」を達成（現在は全グレードの2WD車とZSの4WD車は「平成22年度燃費基準+25%」を達成）。ボディーサイズは、基本的に先代と同じく5ナンバーサイズを保っているが、ZS、Zはライバルの日産・セレナ（ハイウェイスター、ライダー）やシャーシを共用しているアイシス（プラタナのみ）同様にワイドタイヤの装着によって全幅が1,720mmに拡大し、3ナンバー車となる。ZSにはアイシスに続きトヨタのミニバンとしては2車種目（ノア／ヴォクシーを合わせて1車種とした場合）となるパドルシフトが装着される。さらに、サードシートにはワンタッチで折りたたみから跳ね上げまで出来る世界初の「ワンタッチスペースアップシート」を採用した。また、フロントグリルのエンブレムも専用仕様から、ネッツ店専売車種（ヴィッツなど）に与えられるNをモチーフにしたものに変更された。
* 2008年6月23日 – 先代でも人気だった特別仕様車「Z 煌」がバルブマチックエンジンを搭載した「ZS」をベースにした「ZS 煌」として発売。デュアルパワースライドドア、メッキハンドル、メッキドアミラーなどを装備。ベースグレードがノア（S）より上のモデルでなおかつ、メッキも多用している為、価格はノアの特別仕様車「S G Edition」より高めに設定されている。
* 2009年6月8日 – 前回の「ZS 煌」をさらに進化させた特別仕様車「ZS 煌II」を発売。「ZS 煌」のデュアルパワースライドドア、メッキ加飾（ハンドル・ドアミラーなど）に加え、3つのスピーカーとアンプを追加しより質の高いサウンド空間にしたほか、ステアリングオーディオスイッチやコンライトが新たに装備され、利便性も向上された。
* 2010年4月27日 – マイナーチェンジ。従来は「ZS」のみだったバルブマチック付エンジン3ZR-FAE型を全グレードに拡大した他、7速スポーツシーケンシャルシフトマチックを全車に搭載。これにより、全車で「平成22年度燃費基準+25%」を達成し、「ZS」以外の4WD車における環境対応車 普及促進税制における自動車取得税・自動車重量税の減税額が50%から75%に引き上げられた。また、セカンドシートアレンジの変更を行い、7人乗り仕様にはマルチ回転キャプテンシート、8人乗り仕様には 6：4分割チップアップシートを新採用した。また、セカンドとサードシートのセンター席にELR付3点式シートベルトとヘッドレストを追加し、安全性を向上。外装もフロント周りやリアコンビネーションランプ、ホイールのデザインを変更した。また、架装工程の一部インライン化等により、求め易い価格に設定した自社開発のスポーツコンバージョン車「G SPORTS（通称：G’s）」シリーズ3グレード（Z”G’s”、ZS”G’s”、ZS”G’s Version EDGE”）も発表された（「G SPORTS」の発売は6月30日より）。
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