2009年7月2日、「G-Power package」をベースにした特別仕様車「EXCEED II」を発売。同年2月に発売された「EXCEED」のバージョンアップ仕様で、今回は環境対応車普及促進税制（エコカー減税）に適合されている4WD車も設定される。「EXCEED II」の4WD車は2WD車と同等の特別装備と厳選装備に加え、16インチタイヤとアルミホイールを装備している。
2009年11月5日、4WD車のみ一部改良（発売は同年11月11日より）。エンジンやCVT制御の見直しを行い、燃費をさらに向上。このため、平成22年度燃費基準+25%を達成し、既に適合されている環境対応車普及促進税制（エコカー減税）の減税額が50%から75%に引き上げられた。また、「M」を除く全てのグレードに新デザインのハイコントラストメーターとカラー液晶マルチインフォメーションディスプレイを採用。「ROADEST」では黒調ヘアライン加工のセンターパネルとメッキ処理のダイヤルを採用。さらに、坂道発進を容易にするヒルスタートアシスト、急減速時やABS作動時にハザードランプを高速点滅させて後続車に緊急制動を伝え危険を促すESS（緊急制動信号システム）、乗降時にポジションランプやヘッドライトを30秒間点灯し、夜間の乗り降りに安心感を与えるウェルカムライト・カミングホームライト機能（「M」を除く）を追加。ボディカラーも一部見直しを行い、2トーンカラーは新色2色を含む5色に、モノトーンカラーは既存の3色に減らした一方、「ROADEST」はコズミックブルーマイカを追加した。同時に特別仕様車「CHAMONIX」の第3期モデルを発表（11月20日販売開始）。アウタードアハンドルや電動格納式リモコンドアミラーにメッキを施し、専用エンブレムを装着。ダークグレーの内装と、本木目&本革巻ステアリングホイール、インパネ部やアッパーグローブボックスには木目調を採用。また、運転席パワーシートやシートヒーター（運転席・助手席）も装備された。さらに、DVDソフトの再生や家庭用ゲーム機を接続して楽しむDVD内蔵後席9インチワイドディスプレイと、バンパーコーナー部にコーナーセンサーを装備した。
2009年12月24日、2WD車をマイナーチェンジ（発売は2010年1月13日より）。エンジンを燃費性能に優れた4B11型 MIVEC 2.0Lエンジンに変更し、燃費を大幅に向上。これにより、「平成22年度燃費基準+15%」を達成し、既存の4WD車と共に環境対応車普及促進税制（エコカー減税）に適合した。また、外観を4WD車と同一デザインに変更し、ボディカラー・インテリア・装備・機能も4WD車と装備内容の統一を行った。これを機に2WD車のグレード名称であった「C2」を廃止し、4WD車と同じグレード名称になった。また、同日に特別仕様車「EXCEED II」を再発売。ベース車両を「M」に変更し、2WD車にも16インチタイヤとアルミホイールを装着。従来の7インチワイドディスプレイHDDナビゲーション(MMCS)に加え、ビルトインETCも装備された。
2010年6月3日、一部改良。「M」に助手席側電動スライドドアとキーレスオペレーションシステムを追加し、視認性に優れたシンプルなメーターに変更。「G-Power Package」に運転席側電動スライドドアを装備した。また、「G-Premium」に標準装備されているMMCSには地上デジタルTVチューナーと外部機器を操作できるリンクシステムを追加し、サイドアンダーミラーを廃止した（MMCSは「G-Power Package」にもメーカーオプションで装備可能。また、マルチアラウンドモニター装着時にはサイドアンダーミラーが省かれる）。さらに、アクティブコーナリングライトには後退時連動機能を追加し、ブレーキアシストはペダル踏力・踏込み速度感応型に変更。また、「G-NAVI Package」を廃止し、ボディカラーのライトブルーメタリック/ミディアムグレーマイカの2トーンカラーも廃止した。なお、今回の一部改良モデルより、5年目以降の車検入庫時に保証延長点検（24ヶ月定期点検相当）を受けることを条件に適応される。「最長10年10万km特別保証延長」の対象車種となった。
2010年7月8日、スタンダードグレードの「M」をベースに、「ROADEST」の専用パーツを装着した特別仕様車「ROADEST Limited Edition」を発表（7月15日販売開始）。
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