2006年9月にeKワゴンがフルモデルチェンジされ、合わせてオッティも同年10月3日に2代目にフルモデルチェンジされた。ただしエンジンおよびプラットフォームなどのメカニズムは初代からの完全なキャリーオーバーとなり、ボディサイズも初代とほぼ共通となる。また、オッティにはオーテックジャパンによるカスタマイズカー「ライダー」の設定もあるが、初代のR系や同型のeKスポーツにオプション設定されているレカロシートの設定はない。エクストレイルが2代目にフルモデルチェンジして以降は、日産車唯一のセンターメーターが採用車でもある。
グレード構成は基本的に先代と共通だが、2006年12月末より標準車（eKワゴンベース）に左側パワースライドドアを採用したグレード「M」が、 2007年よりR系に自然吸気エンジン搭載のスライドドア装備グレード「RM」とターボエンジン搭載のスライドドア装備グレード「RZ」が発売された。M にはトランスミッションが3速ATと4速ATの両方が用意され、3速AT車にはSと共通の13インチフルホイールカバーが、4速AT車にはEと共通の13 インチアルミホイールが採用された。また、R系については、RSおよびRMのホイールはEと共通デザインであるが、光輝タイプのものが採用された。また、 RZにはRXと共通の14インチホイールが装着される。
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