2006年2月1日に「MRワゴン」より少し遅れて発売された。車検証上の型式はMG22S型となるが、社内型式はSA1型としている。フロントマスク（ヘッドライト・グリル・ボンネット・バンパーのすべて）およびエンブレムは専用のものが与えられており（リアまわりは共通）、ユーモラスかつフレンドリーな顔つきのMRワゴンに比べてシャープで凛々しい印象としており、同じ日産の「マーチ」や「ノート」といったコンパクトカーと共通のイメージを持たせている。
またボディカラーにもモコ専用カラーの「モコルージュ（ピンク）」を用意し、また内装もシート表皮やドアトリムの布地にはモコ専用品を用いてMRワゴン以上に質感を向上させるなど、外装・内装ともにMRワゴンとの差別化が図られている。ボンネットについてもMRワゴンとは異なり、中央部分にプレスラインが入っており若干盛り上がった形状となっている。またこの2代目より、インテリジェントキーシステム（MRワゴンではキーレススタートシステム、両車とも機構は同じ ）が採用されている。そしてMRワゴンでは一部グレードでオプション設定となるABSだが、モコでは日産の安全基準を満たすために全車標準装備となるのが大きな違いとなる。
グレード構成は下から「S」（MRワゴンのGに相当）、「E」（同Xに相当）、「G」（同Tに相当）の3種。最上級グレードのGにはインタークーラーターボエンジンが搭載され、14インチアルミホイールが標準装備される。
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